黄土科学全国重点实验室徽标以实验室英文缩写SKLLS为视觉中心，有机结合了地球、黄土天书、黄土剖面“红三条”等元素。地球轮廓勾勒全球视野；黄土天书隐喻实验室深厚的科研积淀以及破译自然天书的求索精神；“红三条”剖面特征精准锚定黄土典型地层标志，直观呈现研究的核心载体。该徽标体现了实验室承载历史厚度并展现开放创新的科研格局，诠释了实验室立足黄土、面向全球的科研追求。