研究所自成立以来,取得了一系列重要的研究成果。共获得国家自然科学二等、三等奖各1次,省部级一等奖3次。有7人先后为国家杰出青年科学基金获得者,6人为中国科学院“人才计划或项目人才计划获得者,4人获全国百篇优秀博士论文,2人获中国科学院优秀博士论文。2000-2008年,科研人员发表各类论文968篇,其中SCI 论文506篇(包括第一作者的有162篇)。人均发表论文连续9年居中科院资源环境类研究所之首(据中国科学院资源环境科学信息中心《中科院资环类研究所论文余引文统计》报告)。截止目前研究所在NatureSciencePNAS共发表论文9篇,使我所科研人员参加的工作在Nature/Science上发表的文章达到了平均1/年。